In der Zeit von 1899 bis 1901 wurden in Berlin-Köpenick ein neues Amtsgericht und Gefängnis gebaut, da die alten Gebäude in der Altstadt von Köpenick zu klein geworden waren.

Das Gefängis hat eine sehr bewegte Geschichte hinter sich: 1933 beschlagnahmte die SA das Gefängnis und missbrauchte es als Haft- und Folterzentrale. Während dieser als Blutwoche bekannten Zeit wurden Kommunisten und Regimegegner hinter den Gefängnismauern misshandelt und ermordet. Nach Ende des Zweiten Weltkrieges bis 1954 wurde das Gefängnis als Männerjugendhaftanstalt genutzt. Von 1954 bis 1959 war es Militäruntersuchungsgefängnis, danach wurden dort auch Republikflüchtlinge inhaftiert. Später wurde es als Kostümfundus mit Schneiderei des DDR-Fernsehens genutzt. 1980 entstand in einer Kellerzelle die erste Gedenkstätte, die 1987 erheblich erweitert wurde. Noch heute erinnert die Gedenkstätte, die sich in einem Teil des Gebäudes befindet, an die Greultaten zur Nazizeit, die als Köpenicker Blutwoche in die Geschichte eingegangen ist.